次氯酸钠的渗透能力比较强，它能渗入到动植物的细胞壁、病毒的外壳，使菌体蛋白变性而致死。它在分解时是可以形成生态氧的，迅速使得细菌蛋白氧化而变性，氯可以直接作用在菌体蛋白内，使之变性失去活力。次氯酸钠溶液在一定浓度时对金黄色葡萄球菌、鸡白痢沙门氏杆菌、大肠杆菌等有几近的杀灭作用。
        次氯酸钠是一种高效的消毒药品，它可以被广泛应用在人畜医疗卫生的防疫方面，如在饮用水的消毒、疗源场所消毒、污水清洁处理、畜禽养殖场中消毒，次氯酸钠比较适合于中型以上的养鸡场中进行的常规防疫消毒，鸡舍、孵化厅和笼体器具内进行彻底的消毒。
       次氯酸钠在保存时非常重要。温度和紫外光对次氯酸钠的稳定性有很大影响。随着温度或光照(尤其是紫外光)的增加，次氯酸钠溶液的分解率明显加快。这是因为一方面，温度的升高和光的照射加速了次氯酸钠分子的运动，降低了活化能，增加了反应体系中活化分子的含量，增加了有效碰撞机会，增加了反应速率常数，从而加快了分解速度;另一方面，可能与次氯酸钠的分解机理有关。次氯酸钠分解反应的关键步骤是原子氧的释放，光或加热有利于原子氧的形成。当温度低于25℃时，分解缓慢，高于30℃时，分解速度明显加快。经过20小时的光，次氯酸钠的有效氯将降解90%。此外，次氯酸钠分解产生的O2和Cl2都是气态物质，长期处于密闭状态会给包装容器带来危险，所以说我们要谨慎的使用它。因此，次氯酸钠包装容器应留有气孔，防止安全事故。因此，次氯酸钠溶液应尽量存放在低温、黑暗的环境中，可有效降低分解速度。